对于Linux学习,首先是要去可视化操作,如打开文件,进入目录,复制,重命名等,这些在Windows系统中,点点鼠标就能解决问题,到了Linux系统中都是需要用命名来操作的。当然,Linux也出了桌面版本的,这些基本操作也能够通过鼠标完成,但对于做生物信息的数据分析而言,我们使用的Linux服务器,而Linux服务器系统,则是没有桌面版本的,到头来还是得学学基础命令。 有些人,刚开始看到Linux界面和Linux命令时,就会被“吓唬”住,其实也没有你想象中的那么难。熟练的生信工作者,也是多操作多练习的,唯手熟尔。 对于shell的命令,基本的有:cd, mkdir, cp, less, more,cat, sort, mv, ls , grep , sed, head , tail, top, htop, pwd, rm, vi, tar, gunzip, tar, wc,uniq; 这些都是在Linux系统上基础的操作命令,对于以上基础命令的基本参数和用法,既要非常熟悉,也要非常熟练的在Linux系统上操作的。 但是对于这些命令,其实还有很多非常实用的组合用法, 我将会在自己学习和实践操作过程中,学习到的一些命令记录到此,以供自己温习,以及关注我的人也可以学习相应的一些小技巧,节省搜索总结的时间。
如下: 现有a.txt,b.txt 两个文件, 查看:可以用cat,more ,less $more a.txtabcd$more b.txtab12现在要分别找出这两个文件中相同的行和不相同的行: a中有,b中无的行: $ cat a.txt b.txt b.txt | sort | uniq -u结果: cda,b中都有的行: cat a.txt b.txt | sort | uniq -d结果: ab 对于这个组合命令,很实用于行处理操作,对于生信中的数据,可以首先处理成行,例如对于fasta格式的文件,可以首先先将每一个序列处理成同一行,然后再进行行处理删除相同或不相同的行即可。 有相同爱好的可以进来一起讨论哦:企鹅群号:1046795523
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